蛋白層析柱操作流程一般為：預處理、逆流洗柱、水洗、吸附、解吸和再生

1. 預處理：在吸附樹脂的生產過程中，一般采用的是工業級原料，產品沒有經過進一步純化處理，樹脂內部殘留少量單體，所以在使用之前，需用水溶性溶劑對其浸泡處理，然后用去離子水通過樹脂層，置換出水溶性溶劑離子方可投入使用。

2. 逆流洗柱：用水洗出去水離子及破碎填料，樹脂裝入后，用蒸餾水反洗樹脂層，直至出水清晰、無氣味、無細碎樹脂為止。再依次用酸堿等浸泡、沖洗樹脂層，至出水呈中性為止。

3. 水洗：水洗的主要目的是除去蛋白層析柱上所附著的渣滓。

4. 吸附：吸附操作自上而下（或自下而上）通液，可采用不同流速，以選取適宜條件。流出液每隔一段時間取樣檢測，達泄漏點停止吸附，或多柱串聯達飽和后解吸。吸附主要是吸取料液中的渣滓或要回收物，該過程應控制料液的速度及吸附量，大孔樹脂應*浸泡在料液里，以提高吸附效果和運行穩定性。

5. 解吸和再生：解吸操作自上而下（或自下而上）通解吸劑，單柱吸附時，解吸與吸附操作對流為佳。解吸劑沸點要低以便回收處理。